六号从小被杀手基地训练，在一次执行任务，返回基地时，却发现基地被毁，青梅竹马的恋人也随着消失。侦查嗅觉异常敏锐的六号很快发现被毁的基地虽然外表建筑分毫不差，很多他和恋人曾留下的痕迹却消失不见，仿佛多年的杀手训练生涯都是幻影。这让他断定庞大的被毁基地只是复制品。
在寻找真正基地的过程中，他冒名进入军统，调查却遭到军统站长宋庆慈的频频阻挠。六号因为伪装的身份意外成为谢婉儿的未婚夫、并结识留洋法医邵阳等一批伙伴，几人在相互刺探中结下深刻情谊，并发现了日本颠覆中国的惊天阴谋，杀手基地和六号的身份都是阴谋的一部分，当真相渐渐浮出水面，几经生死的六号终于在伙伴们的帮助下破灭日本人三个月灭亡中国的阴谋。

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